カゴメ歌を聞いたら３日目に死ぬという噂を聞いた女子学生楓(北乃きい)は、夕暮れ時何処からともなく流れてきたその歌を聞いてしまう･･･。そこへ現われたネズミ男(大泉洋)に勧誘されて、鬼太郎(ウエンツ瑛士)のゲゲゲの森へ。しかし、｢何故人間を助けなくっちゃいけないんだ｣という疑問に悩んでいた鬼太郎は冷たい対応をしてしまう。目玉の親父さん、猫娘(田中麗奈)らは妖怪図書館に行き、司書(中川翔子）の助けを借りて、そのカゴメ歌の呪いを解く方法を見つけるが･･･、その歌の裏には哀しい伝説が秘められていた。