フロド（イライジャ・ウッド）、サム（ショーン・アスティン）・・・二人は指輪を滅びの山の亀裂へ捨てるため、モルドールへ向かっていた。モルドールが近づくにつれ、指輪は重くなり力を増していた。ある夜、以前指輪の持ち主だったゴラム（アンディ・サーキス）が忍び寄り指輪を奪おうとするが、二人は逆にゴラムを捕まえて、モルドールの黒門へ道案内をさせることにする。フロドは指輪の力によって変わり果てたゴラムを哀れに思うが、サムはゴラムを全く信用しようしない。そして三人は死者の沼地を通り抜け、モルドールの黒門へとたどり着く。

メリー（ドミニク・モナハン）、ピピン（ビリー・ボイド）・・・ウルク＝ハイに捕らわれた二人は、担がれたまま何も出来ずにいたが、隙を見て脱出に成功。ファンゴルンの森に入り込み、ウルク＝ハイに捕まりそうなところを木の種族＜エント族＞の木の髭（声の出演：ジョン・リス・デイビス）に助けられる。その後、バルログとの死闘に勝ち、白の魔法使いとなったガンダルフ（イアン・マッケラン）と再会した二人は木の髭に乗せられ森の中へと進み、サルマン（クリストファー・リー）の住むアイゼンガルドの方向へと向かう。

アラゴルン（ビゴ・モーテンセン）、レゴラス（オーランド・ブルーム）、ギムリ（ジョン・リス・デイビス）・・・メリーとピピンを助けるためにウルク＝ハイの集団を追う三人は、ファンゴルンの森の中でガンダルフと再会。ガンダルフから2人の安否を聞いたアラゴルン、レゴラス、ギムリはガンダルフと共に人間の国ローハンの都エドラスへ向かう。

モルドールの黒門では恐ろしい敵が待ち構え、アイゼンガルドでは1万を越える兵が人間を滅ぼすべく集結し、ローハンでは闇の勢力の攻撃を受けて沢山の人間が犠牲になっていた・・・。

クライマックス、ヘルム峡谷での戦いは3ヶ月かけて撮影され、スタッフ、キャスト共に昼夜の逆転した生活に苦労したという。また、ゴラムはアンディ・サーキスの動きをコンピューターに取り込み、CGで作られたキャラクター。CGキャラでなかったらアカデミー賞ノミネートされてもおかしくないとの評判だったらしい。