昏睡状態に陥ったネオは、地下鉄のホームのようなところで目を覚ます。そこで、インド人家族のプログラムと出会った彼は、このホームがメロヴィンジアンの配下に置かれたトレインマンが支配する、マトリックスと機械世界の間の空間であり、一人の力では抜け出せないと知る。一方、モーフィアスとトリニティーはネオを救う手段を得るために、オラクルのところへ向かい、ザイオンでは刻一刻とセンティネルとの闘いの時が迫っていた。人間たちが、最後の闘いに向けて準備を進める中、増殖を続けるスミスは、それに反比例するかのようにデコが広くなっていた・・・。一応は『マトリックス』シリーズの完結編。[シネスコサイズ・129分]