２０２９年、地球のほとんどが病原菌に汚染され人々は外界から完全に隔離された「センター」で暮らしていた。そこで暮らす人々の唯一の希望は、抽選に当選し、汚染をまぬがれた地上最後の楽園「アイランド」に行くことだけだった。「センター」に収容されたリンカーンユアン・マクレガーは悪夢にうなされるようになり、同時に、今の「センター」のあり方に徐々に疑問を抱くようになっていった。そんな時、彼がひそかに思いを寄せていたジョーダンスカーレット・ヨハンソンが「アイランド」行きに当選した。そして彼女がいよいよ「アイランド」へ出発しようとしていたその朝、リンカーンは衝撃の事実を目の当たりにする。