ある日、地球上空を周回し始めたエイリアンの巨大な飛行物体。人々がそれを「アザーズ」と呼び始めた頃、突如としてそれは人類への攻撃を始めた。第一の攻撃は電磁パルスによる動力源の喪失、そして第二波は巨大地震と大津波、第三波は致死性を高めたインフルエンザウィルスの蔓延。母を失いながらも生きのびた高校生のキャシークロエ・グレース・モレッツは父と幼い弟とかろうじて難民キャンプにたどり着く。そこへ救援に駆けつけた米軍は「すでに第四波の攻撃が始まっている」と告げ、子どもを避難させようとする。混乱の中で弟とはぐれたキャシーは基地を目指すが、人類絶滅を目的とする第五波の攻撃が…(112分)