「トワイライトＱ」とは、バンダイが「トワイライトゾーン」や「ウルトラＱ」のようなシリーズを目論んだもので、作品ごとに様々なクリエーターによる短編を企画していた。予定では全六話のシリーズだったが、諸般の事情により第二話で終了した。この作品のせいで打ち切りになったわけではなく、自然消滅したというのが真相。以降の計画では、河森正治、いのまたむつみの名が挙がっていた。

当作品のチラシには『天使のたまご』以来仕事が無くなってしまったために「アニメ界の奇才押井守が2年間の沈黙を破り全ての映画ファンに放つ衝撃の問題作！」と書かれていた。押井にはそれがよほどのショックだったようで、この作品の話になると大抵ネタとして出てくる。

ちなみにタイトルの「FILE 538」は同時期の『迷宮物語』（当初は押井も参加予定だった）との混同を避けるために慌ててつけ加えたとのこと。