子供を連れて砂漠を旅するガンマン、エル・トポ（アレハンドロ・ホドロフスキー）。途中、通りかかった街では、住民が強盗団によって皆殺しにされていた。エル・トポはその強盗団を退治した後、子供を残してボスの女・マーラと共に再び旅に出る。そして、マーラに「私への愛を証明するために、この砂漠にいる４人の銃の達人を、どんな手を使っても倒して」と懇願され、彼らを倒すために汚い手を使い、どんどんと落ちてゆくのだった。