ロシア近海で行方をくらました米国潜水艦を救助に向かった原潜ハンターキラー号が見つけたのは、沈没した自国潜水艦と、やはり沈没したロシアの潜水艦だった。一方、地上では潜水艦沈没にまつわるきな臭い動きを察知。これを受けて極秘裏に派遣されたネイビーシールズ精鋭部隊は世界を破滅に導く陰謀が進行していることを知る。そしてロシア艦から生存者を救出したハンターキラー号に陰謀を止めるべくおそろしく困難な指令が下ったのだ。元潜水艦長の作家ジョージ・ウォレスの原作の映画化。