1999年、フィリピンの炭鉱地下深くで巨大生物の化石と謎の繭が発見された。同じ年、日本・雀路羅市の原子力発電所が原因不明の事故により崩壊、街は放射能汚染地帯となってしまう。それから15年、かの事故により妻を亡くした元原発職員のジョーは真相を暴かんと独自の研究を続けていたが、米軍大尉である息子のフォードには父の行動が全く理解出来なかった。だがジョーとフォードは、汚染地域のはずの雀路羅市から放射能が消え失せ、かつ原発跡地に謎の施設が建造されたことを知ってしまう。そこにはあの謎の繭と全く同じものがあった……