医大生の広介（吉田輝雄）は理由も無く精神病院に放り込まれるが、自身の故郷を知りたい一念と謎の子守唄に導かれ脱走。その歌を知る少女・秀子（由美てる子）に秘密を聞き出そうとするが彼女は殺害される。僅かな手がかりから裏日本へと向かった先で、名家の跡取りで自分と瓜二つの姿をした“菰田源三郎”という人物の急死を知る。さらに彼の父親・丈五郎（土方巽）は生まれつきの奇形で、所有の孤島で一人「理想郷」を建造しているという。広介は源三郎が蘇生したと見せかけて彼に成りすます。やがて出生の秘密が孤島にあると知った広介は島へと向かうが、そこで彼は衝撃的な光景と戦慄の事実を知ることとなる！