かつて日本を襲撃したギャオスが再度孵化し人類を襲撃し始めた。それに呼応するかのごとくガメラも出現。が、ギャオスを追ったガメラが突如渋谷に出現、大被害をもたらしたことが原因で日本政府はついにガメラもギャオス同様危険分子であると見なし始める。その頃ある少女・綾奈（前田愛）は祠の奥で卵を発見、孵化した生物に「イリス」と名付け育て始めるが、その正体はギャオスの突然変異であった。やがて巨大成長したイリスはついにガメラと対決する！人類の未来は、そしてガメラは？！平成ガメラシリーズ完結編であり、そのストーリーと今までの邦画特撮に無いダイナミックな画面構成が賛否両論を巻き起こした。