広島で原爆病治療の研究をしているボーエン（ニック・アダムス）と助手の李子（水野久美）は、原爆下でも生き抜いたとされる少年を保護する。少年は脅威の成長能力を遂げるが、ある日強烈な光を浴びたショックで暴れだし逃走してしまう。実は彼こそ、第二次大戦末期に心臓の状態でドイツから運ばれてきた人工生命体・フランケンシュタインのなれの果てだったのだ。やがて白根山でハイカーたちの惨殺事件が起きフランケンに疑いがかかるが、実は地底にはもう一匹怪獣が生息していた……。