先行してテレビシリーズの「マクロスF」があり、登場するキャラクターも共有だけに、当初はその再編集版と思われていたが、蓋を開けたら全く違う物語が展開していた。

　確かにＴＶ版では、複合的に謎が絡み合い、人間側の裏切りや駆け引きなども含め、敵がコロコロと変わっていくため、非常に複雑な物語になってしまった。しかもそれを整理しようにも、何かを端折ると物語の整合性がおかしくなると言う、えらく面倒くさい物語になっていた。それを考えたら、無理に再編集するよりも新しくした方が良いのか？などとも考えてしまう。

　結果として、ＴＶ版とは登場人物は同じでも物語とか結論とかは全部異なるパラレル・ワールド的な作品に仕上げられた。

　実はＴＶ版の最大の問題点は、その物語の複雑さにあった。アニメのトップブランドの一つである「マクロス」を作るのだから、スタッフも気負っていたかも知れないけど、観てる側としては、実はそんなに複雑な物語を期待してはいなかった。視聴者が求めていたのはロボットに変形する戦闘機の格好良い姿とか、戦いの中で場違いのようなラブコメっぽい演出の方。特にこう多量のアニメが消費される昨今、あんまり複雑な物語は求められていなかったと思う。

　そのニーズにちょっと応えることが出来なかったという反省点もあったのかも知れない。映画版の本作ではＴＶ版と較べて大分物語は単純化されたのは良し。メインヒロインの二人にもほぼ同じレベルの設定の重さを担わせてバランス配分も良く、何より主人公のアルトが、ようやく主人公らしくなったところは評価されるべきだろう。テレビ版では物語の都合によって主人公が熱くなったりクールになったり、妙に奥手だと思ったらいきなり積極的になったりと、全く整合性がなかったものだが（それは全て「思春期だから」で終わらせてる）、本作ではちゃんと地に足の付いた考え方をしてるので、大分見やすくなった。

　それとＴＶ版でもＴＶとは思えないほどのクォリティを見せた戦闘シーンも益々派手に、歌との兼ね合いもきちんと計算されて作られており、殊演出に関しては突出したものがある。

　ＴＶの続きとして観るのではなく、前後編合わせた映画版単体としても充分楽しめる作品と言えるだろう。