マトリックスは仮想世界ではあるけれど、これをコンピュータシステムの用語で呼ぶことで、現実世界もそういう何かに操られているのではないか、そして運命に不確定性をもたらす意志はあり得るのか、そういう「現実世界の認知の不確実性」みたいなものを、前作に引き続き扱っている。前作はアクション要素とのバランスが絶妙だったが、今回は哲学的オブラートに包んでいるものの、このテーマ故のリアリティが前作より大幅に後退して、（半ば無理矢理な）ストーリー上の謎解き要素となっている、が、このコンピュータシステムからのネタの取り方が絶妙で、笑えるからこそ、この要素が映画の「スパイス」として効いている。

・・・ネタバレないと思うけど、あえてネタバレ申告しておこう。