西暦2199年，地球は生命絶滅の危機に瀕していた。地球を移住先に定めたガミラス星からの攻撃を受け，海は干上がり，大気は高濃度の放射能に侵されている。人類の望みをつなぐのは，極秘のうちに再建造されたあの戦艦｢大和｣である。宇宙戦艦として蘇ったヤマトは，彼方の惑星イスカンダルにある放射能除去装置の受け取りを目指すことになる。そのヤマトを阻止せんと待ち受けるガミラス帝国。地球滅亡まであと365日──人類生存の命運を賭け，ヤマトの往復29万6千光年に及ぶ旅が始まった。