暗黒星団艦隊による地球侵略が始まり、その圧倒的な力により人類は降伏を余儀なくされる。辛うじて地球を脱出した古代達ヤマトのクルーは小惑星に隠されていたヤマトを駆り、本拠地の暗黒星団に向かう。しかし何とたどり着いた場所は未来の地球。しかも、そこでの未来人はヤマトは破壊される運命にあると宣言するのだった。