西暦２０６５年、異星から落下してきた隕石の中から異生物ファントムが出現し、地球は滅亡の危機に瀕していた。科学者のアキ（声＝ミン・ナ）は人類を救うべく８つの生命体を探索する。一方で政府軍の強硬派ハイン（声＝ジェイムズ・ウッズ）は新兵器でファントムを発生させる隕石への攻撃を始めようとしていた。アキは特殊部隊ディープ・アイズのグレイ（声＝アレック・ボールドウィン）らと共に、残りの生命体の探索を続ける。スクエア はアメリカに新法人を設立し、世界的にヒットした人気ゲームを映画化して業界に参入した。