西暦２００８年。地球は最終戦争により５つの大陸は海に沈んでしまう。それから２０年、コナンとおじいの住むのこされ島にハイハーバーの少女ラナが流れ着く。しかし、インダストリアの飛行艇が彼女をさらってしまう。インダストリアの局員は、彼女の祖父であるラオ博士に太陽エネルギー復活させる為の人質にするため、彼女を誘拐したのであった。コナンは彼女を救うべく冒険を始める。宮崎駿が全話演出を手がけた、ＮＨＫ初の本格的アニメーションの映画化作品。