第３次世界大戦から３１年後、２０１９年のネオ東京。反政府ゲリラとアーミーの抗争が激化の一途を辿っている御時世。職業訓練校生の鉄雄は、政府の超能力実験体の少年と接触したことで、軍の研究施設に連れ去られる。鉄雄の兄貴分の金田は、彼を取り戻すべく反政府ゲリラの一員である少女と行動を共にする。だが超能力を覚醒させた鉄雄は、先の大戦で東京を壊滅させ、今は地下深くで眠りについているという”アキラ”と対峙すべく、その恐るべき力を解き放つ。