天正９年、織田信長の伊賀一族壊滅作戦により，両親と妹を殺された葛篭重蔵（大友柳太朗）は，読経三昧の日々。それから１０年後，天下の趨勢は豊臣秀吉に移り，重蔵は師匠・次郎左から秀吉暗殺の命を受けるが，そこには忍者稼業に見切りを付け，武士として出世することを選んだかつての親友・風間五平（大木実）との対決が待ち受けていた。