世界貿易センタービルから墜落したコングは生きていた。彼はさる財団に保護され、植物人間さながらに眠り続けていたのだ。そしてついにコング用の人工心臓の開発が成功。それを埋め込むことによって復活したコングは、愛するレディ・コングと息子ベビー・コングの為に再び人間と戦うのだった。