西暦2203年、伝説の回遊水惑星・アクエリアスの接近により、銀河の彼方ディンギル星は水没する。辛うじて母星を脱出したディンギル帝国の総統・ルガールは、ワープによってアクエリアスを地球に急速接近させ、人類を水攻めで殲滅した後、地球へ移住する計画を立てる。ディンギル帝国軍の凶悪な秘密兵器・ハイパー放射ミサイルによって、為すすべもなく倒される地球防衛艦隊。この空前の危機に、復活した初代艦長沖田十三の下、宇宙戦艦ヤマトはアクエリアスへと旅立つ。ヤマトに残された最後の手段とは…