クララはある日、久々に家にやってきたドロッセンマイヤー叔父さんからくるみ割り人形をもらうのだが、その夜、クララは熱を出して寝込んでしまう。寝ているクララの耳に柱時計の中から不思議な音が聞こえてきた。気になって起きあがり、柱時計を覗き込んだクララの目に、時計の奥へ奥へと歩いていく叔父さんの姿が…叔父さんを追い、時計の中に入り込んだクララはおもちゃとネズミが戦いを繰り広げる不思議な世界へ迷い込んでしまう。