旅を続けるサトシ(松本梨香)達は、自然豊かな遺跡の街ミチーナにやってくる。遺跡見学へと山を登っていくと、突然湖から竜巻が舞い上がり、ピカチュウ(大谷育江)とポッチャマ(小桜エツ子)が巻き込まれそうになってしまう。そこへ遺跡の守り人シーナ(北乃きい)が現れ、時間を司るポケモン、ディアルガを召喚し、２人は助けられるのだった。シーナは、サトシ達を遺跡へと案内し、古くから伝わる伝説と、ディアルガ・パルキア・ギラティナの騒動の元となった“全てを生み出したとされるポケモン、アルセウス”のことを説明し、アルセウスが永い眠りから覚めようとしていることを告げる…。 「神々の戦い」三部作の最終章（112分）