20XX年、ウイルスが世界中に広まり、人類は滅亡の危機に瀕していた。科学者グループ達は「12モンキーズ」によってそれらがもたらされたと突き止めていた。それを未然に防ぐため、解放を条件に囚人ジェームズ・コールを過去の世界に送り込むのであった。