イギリスの暗号解読センターに一人の男が帰ってきた。名はトム・ジェリコ（ダグレー・スコット）。彼はドイツ軍が誇る暗号「エニグマ」を解読した男だった。彼は女性に振られたことでノイローゼになり、休んでいたのだが、「エニグマ」の暗号コードが突然変更になり、急遽呼び戻されたのだった。彼はかつての恋人クレアを探すが、二日前から行方不明になっていた。なぞを秘めたクレアの行動を調べるため、彼女のルームメイトのヘスター（ケイト・ウィンスレット）とともに探るが、そこには思いもよらない事実が隠されていた。