「旅路の終りに人はみな想う　青春こそアルカディア（理想郷）だった　と…」…時は未来。地球は謎の異星人イルミダスに完全に征服されていた。宇宙戦艦デスシャドゥを駆り、太陽系連邦最強と謳われた無敵艦隊を指揮し死力を尽くして戦った艦長・ハーロック（CV:井上真樹夫）も今や敗軍の将…。難民船と化したデスシャドゥを地球に帰還させた彼を待っていたのは武装解除と敵軍への絶対服従という屈辱的な扱いだった。だが彼は、乞食の真似までしながらじつはひそかに反逆の時を待ち続ける技術将校・トチロー（CV:富山敬）と運命的な出会いを果たす…。石原裕次郎を特別出演に迎えて贈る、松本零士原作のSFアニメ。（本篇131分）