ワーナー本社の重役会議で、コメディ映画部長ケイト（ジョナ・エルフマン ）はダフィ・ダックを解雇しようとしていた。バッグス・バニーはファミリー揃って楽しめるキャラだが、ダフィのファンはネクラなオタクしかいないと。怒ったダフィはロジャー・コーマンが監督する新作バットマンの撮影現場をぶちこわしてしまい、捕まえようとしたスタントマン志望の警備員D.J.（ブレンダン・フレイザー ）もクビになってしまう。失意のふたりが家に戻ると、彼の父親であり大スターのダミアン（ティモシー・ダルトン） からのビデオが待っていた。 ダミアンは人気スパイ映画で有名な俳優だが、実は本物のスパイだったことを知る。ダミアンは言った、「ブルー・モンキーを探せ」と。父親の危機にD.J.は奮起、バニー、ダフィ、ケイトらを巻き込んで、ラスベガス、エリア５２（？）、パリ、アフリカと世界を股にかけた冒険が始まった！