毛利小五郎探偵といつもの一行（大人２、学生２、子供５）はバカンスで神海（こうみ）島へやってくる。この島の近海底で石造りの宮殿が発見され、そこから実在の女海賊アン・ボニーとメアリー・リードのものらしき剣と銃が見つかったため、観光スポットとして脚光を浴びることになった島だ。そして、宝を求めてトレジャーハンター達もやって来た。その中の一人がジャケットに密かに付けられた仕掛けによって殺される・・・。蘭と園子はダイビング、子供たちは宝探しゲーム、コナンは犯人探しと話は進む。はたして犯人は？そしてアンとメアリーの宝は？シリーズ劇場版第１１作。