時空の狭間で時と空間を支配するディアルガとパルキアが何故か戦いまくっていた頃、サトシ（松本梨香）、ヒカリ（豊口めぐみ）、タケシ（うえだゆうじ）一行はアラモスタウンへと向かっていた。一行は町のガイド、アリス（加藤ローサ）と出会い時空の塔に案内される。一方、その庭園でピカチュウ（大谷育江）、ポッチャマ、ヒコザル、グレッグル他が戯れる最中、ナイトメアーを操るダークライ（石坂浩二）が数十年ぶりに姿を現した…。新シリーズ第１作となった劇場版通算第１６作。