南米ペルーのマチュピチュ遺跡にやって来た冬樹（川上とも子）とケロロ軍曹（渡辺久美子）の小隊は、遺跡内部に謎のエネルギー反応を感知する。だが、その正体を見極める前に彼らは放逐された。そんな彼らが家に戻った様子を眺める、一つのカメラがあった。その画面を、遙かな上空で見つめていたものこそ、謎の巨大戦艦に乗りケロン星から降りてきたケロロ大軍曹（渡辺二役）であった！彼は2分でペコポン（地球）を制圧すると豪語し、総てのコンピュータを支配下に置いた。彼らの「ひれ伏せよオーラ」により、人々は大軍曹を賛美しひれ伏した。しかしそのオーラが効かない冬樹は、単身ブリッジに向かった軍曹を追って抵抗を試みる。〔90分/カラー/ヴィスタ〕