宇宙戦艦ヤマトが水惑星アクエリアスに没して十数年。地球は移動性ブラックホールの襲来によって未曾有の危機に直面していた。幸いアマール星のイリヤ女王（田中敦子）がその月を移住先に提供してくれたものの、先鋒の移民船団は謎の多国籍軍艦隊によって被害を蒙った。ここに至り、真田科学局長官（青野武）は伝説の男、古代進（山寺宏一）を貨物船から新生ヤマトの艦長に迎え、移民船団の護衛にあたらせる。古代は娘である美雪（藤村歩）には第一次船団の団長であった母・雪（由愛典子)を守れなかった不甲斐ない父親と呼ばれ、その汚名を雪ぐためにも、新しい部下たちとともにヤマトで飛ぶ。そこには異星艦隊の罠が待っていた。〔133分/カラー/ヴィスタ〕