古代ペルシャ。少年ダスタンは、仲間を助けようとした勇敢な行動が王の目に留まり、養子として王宮に招かれる。そして、王の血を引かぬダスタン（ジェイク・ギレンホール）は「ペルシャのライオン」と呼ばれるほどの立派な青年へと成長する。兄のタス王子は、叔父のニザムベン・キングスレーの助言で、聖なる都アラムートを攻め落とす。そこでダスタンは一本の「剣」を手に入れる。しかし、父王はダスタンの目の前で毒殺され、父殺しの濡れ衣を着せられてしまう。アラムートの姫君タミーナの助けを得て逃げ出すが、タミーナの目的はダスタンの持つ剣を取り戻す為だった。その剣は「時間を巻き戻す」という不思議な力を秘めていた･･･