月面エイリアン刑務所の最深部に幽閉された最凶エイリアンのボリス（ジェマイン・クレメント）が仲間の手引きで脱獄した。一方、地球では、今日も今日とてＭＩＢのエージェントＪ（ウィル・スミス）とＫ（トミー・リー・ジョーンズ）コンビが街中に潜むエイリアンどもを殺戮・捕獲する毎日であったが、Ｋの浮かない様子がＪには気になる。実はボリスを嘗て捕らえたのはＫであったのだ。一方、地球に舞い戻ったボリスは、街の売人からタイムマシンを入手し過去へ。その翌日、Ｋが忽然と消えてしまったのだ。Ｊが本部のＱ（エマ・トンプソン）に聞くとＫは４０年前に死んだと言うのだが…。１０年ぶりに製作されたシリーズ第３作。