都内の郊外にある国立大学に通う花(宮崎あおい)。庭にコスモスの花が咲いた日に生まれたことから、花と名付けられた彼女は、講義中、教科書も持たずノートをとり続ける男(大沢たかお)を見かける。出席票も出さず立ち去る彼に声をかけたことから知りった二人は、すぐにお互いに惹かれていく。やがて彼は自分が“おおかみおとこ”であることを明かすが、花の気持ちは変わらなかった。一緒に暮らし始めた二人には、雪の日に生まれた長女の雪、雨の日に生まれた長男の雨の、二人の子供たち−おおかみこども−が生まれる。子供たちが人間として生きるのか、おおかみとして生きるのか、選べるようにしっかり育てたい。そう誓う二人であった…