「地球人はみな老いた。だが、なぜ奴だけは前に進もうとする？」青年ヤマ（三浦春馬）はある惑星に海賊船が逗留すると聞き、欠員補充に応じようとした。その船こそが、悪名を轟かす宇宙海賊ハーロック（小栗旬）のアルカディア号と知ってのことだ。副長ヤッタラン（古田新太）が船より追い落とそうとしたヤマを、乗員のひとりケイ（沢城みゆき）が救い新入りと認める。ヤマは早速、つぎの係留地である惑星トカーガでの仕事にケイとともに降り立った。この星に「次元振動弾」を撃ち込むのがその任務だったが、危機に陥ったヤマを下船したハーロック自らが救う。その頃、政府軍の長官イソラ（森川智之）はハーロックを抑え込むべく牙を研いでいた。〔115分〕