2199年、星間帝国ガミラスの侵攻によって地球は未曾有の危機に瀕していた。そこに届いたイスカンダル星の女王スターシャ（井上喜久子）の救いの手を頼りに、沖田十三（菅生隆之）を艦長に戴く宇宙戦艦ヤマトは、コスモリバースシステムを求め大マゼラン銀河へと飛ぶ。兄を戦場で失った若き戦術長古代進（小野大輔）はガミラスへの憎悪に燃えるが、航海中の取り引きのためガミラス艦より使者として乗艦したメルダ（伊藤静）が、地球人と全く違わない生命体であることに驚くのだった。SFアニメのエポックメイキング作品を、完全新スタッフでリメイクしたTVシリーズの総集編。〔130分〕