ロンドンの、とある孤児院。１２歳の少年ピーター（リーヴァイ・ミラー）は、生まれてすぐに、孤児院の前に捨てられ、ずっとここで暮らしていた。最近、個人の子供たちが、深夜に次々といなくなっていた。実は院長が海賊に子供たちを高値で売っていて、ある夜、ピーターも攫われてしまう。子供たちは「空飛ぶ海賊船」によって、黒ひげ（ヒュー・ジャックマン）が支配する「ネバーランド」に連れらてゆかれ、そこで奴隷のように働かされていた。黒ひげは、不老不死の力を得るための「妖精の粉」を、彼らに鉱山で発掘させていた。そこで盗人扱いされたピーターは、黒ひげに、上空の母船から谷底へと突き落とされるが･･･