異変は東京湾より始まった。大量の水蒸気を伴う熱核源体が都心に向け接近している。調査結果を見た官房副長官・矢口（長谷川博己）はこれを一体の特殊生物と認めるが、大河内首相(大杉漣)をはじめとする閣僚は一笑に付す。しかし、その荒唐無稽な観測は現実であった。周囲の建造物を破壊し、一路東京中核部に侵攻する特殊生物に人々はどよめく。この事態に自衛隊は治安出動を要請するが、対応は遅々として進まない。そんな中、地を這っていた特殊生物は動きを止めると、あたかも進化するかのように屹立、二足歩行体となる。その巨体はあらゆる攻撃を無力化した。米国特使として極秘来日したパタースン（石原さとみ）は、これを「ゴジラ」と呼び脅威を訴える。〔120分〕