17世紀。高徳のイエズス会宣教師フェレイラ（リーアム・ニーソン）が日本に潜入したのち消息を絶った。報告によれば彼は棄教したという。弟子であったロドリゴ（アンドリュー・ガーフィールド）とガルペ（アダム・ドライヴァー）はそれを信じられず、厳格な通商政策とキリスト教禁止のもとにある極東に飛ぶ。マカオで日本人漁師のキチジロー（窪塚洋介）という案内役を得て長崎に渡ったふたりは、隠れキリシタンの村人たちの手厚い歓迎を受け、その場への駐留を求められるが、心の弱いキチジローの裏切りでロドリゴは捕縛された。人質たちとともに護送されるロドリゴに、老いた長崎奉行井上筑後守（イッセー尾形）は布教の無駄さを説くのだった。〔162分〕