2016年。カラム・リンチ（ミヒャエル・ファスベンダー）は死刑執行された。と思ったが、彼は死んでおらず、彼は謎の施設へと連れてこられた。そこで科学者のソフィア（ マリオン・コティヤール ）の指示のもと、「アムニス」という装置に接続されたカラムの意識は、ルネサンス期のスペインへと飛ぶ。そして人間の自由意思を操ることができるという「エデンの果実」を守る伝説のアサシン・アギラールとシンクロする。そして果実のありかを探り出そうとするが･･･。