『猿の惑星』全５部作の完結編。前作で人間の管理に蜂起し覇権を握った猿だったが、その後の核戦争で地球は文明社会を失い、荒廃した廃墟の中で勢力が逆転した人間と共存している。猿の指導者シーザーは人間との共存に反対するゴルドー将軍一派と内紛の火種を抱えつつ、地球滅亡の謎を解く為、地下の禁断の地へ赴くが、そこで見たものは核ミサイルを保有した地下人間たちだった。一方ゴルドー将軍は叛乱を企て、シーザーの息子を殺害する。「猿は猿を殺さない」・・猿社会の不文律が崩れ、かつての人間が辿ったのと同じ道を歩もうとするのか・・・