長年ＦＢＩに君臨したフーバー長官が亡くなり、長官代理として、ニクソン大統領と親しい司法次官のグレイ（ マートン・ソーカス）が就任することに。次期長官と期待されていた副長官のマーク・フェルト（リーアム・ニーソン）らは失望する。そんな折、民主党本部に盗聴器を仕掛けようとした、通称「ウォーターゲート事件」が発生。捜査にあたったフェルトはすぐに政府の関与に気付くが、ホワイトハウスは長官代理を通じて捜査に圧力をかけてきた。独立した機関としてのＦＢＩの根幹を揺るがす事態に、フェルトは仲間にも極秘で、ある手段を行使する･･･。