宇宙世紀を呪わしい戦禍で覆った一年戦争初期。スペースコロニーを地球に墜落させて核の冬を呼ぶ暴挙「コロニー落とし」を予見し、人々を救った「奇跡の子供たち」が現われた。その3人のうちリタ（松浦愛弓）は実験体として命を奪われ、残されたヨナ（榎木淳弥）を救うべく最後のミシェル（村中知）は巨大組織ルオ商会に身を売り、以後商会の後継者の独りとして裏社会に入る。そして「ラプラス事変」の終結後、思考により人知を超える能力を引き出される2体のガンダムは封印されたが、その謎を解くためにミシェル・ルオはヨナにあるMSの捕獲を命じる。第3のユニコーンガンダム、黄金に輝く「フェネクス」。それには死んだはずのリタが乗っているというのだ。〔90分〕