私立巡ヶ丘学園高校の三年生・陸上部のくるみ、園芸部の悠里、天然少女な由紀の三人は、保険の先生・慈の提案で「学園生活部」を設立。学校に寝泊まり出来て設備も使い放題、そんな楽しい共同生活を続けている。彼女達が学校で生活しているのには訳があった。表には「かれら」しかいないからである……感染者の脅威から命拾いした三人は、学校に立て籠もり助けを待っていたのだ。そんな中、校舎内で食料の捜索を続けていたくるみと悠里は、生存者である二年生・美紀を発見。彼女を部員として勧誘するが、美紀にはその共同生活が余りにも奇妙なモノにしか見えないのだった……