鈴木財閥の建てた高さ６３５ｍの「東都ベルツリータワー」。完成披露のセレモニーに参加していたコナン・声高山みなみ一行（毛利小五郎・声小山力也、蘭・声山崎和佳奈）。そのさ中、一発の銃弾が一人の男性客の胸を貫いた。狙撃場所を特定したコナンは阿笠博士・声緒方賢一の発明したメカで犯人を追っていく。その追跡中に居合わせた世良真純・声日高のり子やＦＢＩの協力があるも、逃してしまう。その後FBIと警視庁の合同捜査により重要参考人として元ネイビーシールズの隊員、ティモシー・ハンター・声中井和哉の名前が浮かび上がる。果たして彼が犯人なのか？犯人の目的は？