ムートーをから人類を守ったゴジラが海に消えてから5年。秘密組織モナークは世界各地に発見した巨大生物を密かに眠らせていた。しかし人間によって破壊された地球環境のバランスを巨大生物が取り戻すと信じる環境テロリストが次々と基地を襲いモスラ、キングギドラ、ラドンといった怪獣たちを解放してしまう。そこに再び秩序を取り戻すべく帰ってくるゴジラ。人類を巻き込んだ壮大な怪獣同士の戦いの火ぶたが今、切って落とされる。