宇宙の、ある惑星で育ての親のフクロウ、ロングクローと平和に暮らしていた宇宙ヤマアラシのソニックはナックルズ族に襲われ異次元へのポータルを開く不思議なリングで地球に逃げてきた。そこで出会ったアメリカ・モンタナ州の田舎グリーンヒルズの保安官トムジェームズ・マーズデン。サンフランシスコ警察への試験に合格したトムは引っ越しを準備中だったが、ひょんなことからソニックが不思議なリングをサンフランシスコの高層ビルに落っことすことで、二人はサンフランシスコに向かうことになる。強烈な電磁パルスで町全体の停電を引き起こすほどのパワー持つソニックをアメリカ国防総省の依頼を受けたマッドサイエンティストＤｒ．ロボトニックジム・キャリー が彼の発明した最新兵器で追うことになるのだが…