斎藤一（江口洋介）は、志々雄一派に鋼鉄船を売った武器商人を捕縛するために横浜駅へ。そこで遭遇した雪代縁（えにし）（新田真剣佑）は斎藤に「抜刀斎に十字傷はまだ有るか？」と問う。その後、東京では爆撃や襲撃事件が発生。そこには「人誅」と記された紙が舞う。首謀者の縁は、緋村剣心（佐藤健）に復讐するために、剣心のすべてを破壊すると宣戦布告をする。彼は剣心が惨殺した妻・巴（有村架純）の弟だった･･･。人気コミック「るろうに剣心」の「人誅編」を、「The Final」「The Biginning」の二本に分けて映画化。