東京都知事直轄で形成された医療チーム「TOKYO MER」。医療機器を備えたERカーで事故現場に向かい、人命救助にあたっている。しかし、危険を顧みないチーフ喜多見（鈴木亮平）らの活動を良く思わない厚生労働省は、アメリカから呼び寄せた鴨井（杏）を筆頭にエリート集団で形成された横浜MERを立ち上げた。ある日、横浜ランドマークタワーで火災事故が起こる。東京MERと横浜MER、そして厚労省のMER推進部統括官・音羽（賀来賢人）、千住（要潤）率いる東京消防庁・即応対処部隊らは現場に駆け付ける。タワーの最上階には、東京MER所属看護師・夏目（菜々緒）と、喜多見の身重の妻（仲里依紗）が取り残されていた……。（128分）